Το σπήλαιο των Λιμνών, που παλαιότερα ονομαζόταν Τρουπίσιο, βρίσκεται σε υψόμετρο 827 μέτρων και απέχει 17 χιλιόμετρα από τα Καλάβρυτα και 9 χλμ. από την Κλειτορία. Η φυσική είσοδος στο σπήλαιο είναι ευρύχωρη (3,50 μ. ύψος και 6,50 μ. πλάτος). Το συνολικό του μήκος είναι περίπου 2 χλμ. και το σχήμα του οφιοειδές. Λίμνες στο εσωτερικό ενός σπηλαίου δεν είναι κάτι συνηθισμένο, ούτε παγκόσμια ούτε για τον Ελλαδικό χώρο, όπου αποτελεί μοναδικό γεωλογικό φαινόμενο.
Οι πρώτες αυτοψίες αρχαιολόγων στο σπήλαιο, έγιναν ήδη το 1967 και το 1971. Η περισυλλογή αρχαίων οστράκων, από τυχαία εκσκαφή στο εξωτερικό και περιορισμένη ανασκαφή στο εσωτερικό, έδωσαν αντίστοιχα τα πρώτα δείγματα Νεολιθικής και Πρωτοελλαδικής κεραμικής.
Την περίοδο 1992-1994 η ανασκαφή έφερε στο φως ανθρωπολογικά και αρχαιολογικά ευρήματα, τα οποία τεκμηριώνουν ότι το σπήλαιο κατοικήθηκε για μεγάλα χρονικά διαστήματα, με πρώτες ενδείξεις στην 6η χιλιετία π.Χ.